O Canal do Panamá, além de ser um elo para o comércio marítimo mundial, abriga uma rica biodiversidade em sua bacia. Ao redor da estrada são milhares de hectares habitados por bugios, macacos-prego, tucanos, harpias, preguiças e veados, entre outros.
O Panamá faz parte do Corredor Biológico Mesoamericano, a ponte de terra natural da América do Sul à América do Norte, usada por espécies migratórias. A bacia do Canal faz parte desta ponte, e consiste em mais de 847.500 hectares de floresta tropical, dos quais 57% são florestas e além de fornecer água para as operações do Canal e para mais da metade da população do país. É também um santuário para uma grande variedade de espécies de flora e fauna.
Atualmente, as águas circundantes e as ilhas da bacia do Canal abrigam aproximadamente 160 espécies de mamíferos. Dos 33 mamíferos considerados em perigo de extinção no Panamá, 30 vivem nesta área, entre eles a onça-pintada, a anta e o caititu. A bacia do Canal também abriga mais de 500 espécies de pássaros, e 25 das 35 espécies de pássaros protegidas do país vivem nesta área. Além disso, a área também abriga 125 espécies de répteis e 26 tipos de peixes.
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